Vlatko Stojanovski erdhi me shumë bujë te Shkëndija, mirëpo i njëjti u largua pas vetëm 7 muajve, edhe atë pas insistimit të drejtuesve “kuqezi”, të cilët nuk llogarisnin në shërbimet e tij për stinorin pranveror. Stojanovski në pjesën vjeshtore me Shkëndijën u paraqit në 14 ndeshje, duke realizuar vetëm dy gola,