Kristijan Stojkoski ka vazhduar kontratën me FC Shkupin edhe për dy vite të tjera. Lajmin e kanë konfirmuar nga klubi “bardhekaltër” përmes faqes së tyre zyrtare, duke theksuar se kryesia e klubit ka mbetur e kënaqur me atë që Stojkoski ka treguar gjatë vitit të kaluar me fanellën e FC Shkupit.
Stojkoski skuadrës nga Çairi iu bashkua verën e vitit 2017-të, kur arriti nga rradhët e Makedonija Gjorçe Petrovit, ndërsa që në sezonin e tij të parë u shndërrua në një ndër futbollistët kryesor të skuadrës së FC Shkupit, që sezonin 2017/2018 e mbylli në pozitën e katërt, duke siguruar në këtë mënyrë një vend për në garat europiane.
Stojkoski gjatë sezonit që lamë pas nga gjithsej 36 ndeshje, luajti në 33 prej tyre, duke regjistruar edhe 8 gola si dhe 12 asiste për gol.