Skënderbeu ka eliminuar shtatë skuadra në arenën europiane, 3 në Ligën e Kampioneve dhe 4 në Ligën e Europës.
Në Ligën e Kampionëve: Neftçi Baku (Azerbajxhan), Krusaders (Irlanda e Veriut) dhe Milsami Orhei (Rumani).
Në Ligën e Europës: Sant Jula (Andorra), Kairati (Kazakistan), Mllada Boleslav (Çeki) dhe Dinamo Zagreb (Kroaci).
